【土地資源】綦江區地處四川盆地東南邊緣，地勢南高北低，屬喀斯特地貌，有中山、低山、深丘、淺丘和槽谷五大類型，以低山丘陵為主，山地約占全區總面積的67.6%，丘陵約占32.4%。全區土地總面積218566.7公頃，其中耕地面積91035.53公頃，林地面積80312.66公頃，水域及水利設施用地面積4057.8公頃，園地面積3470.09公頃，草地面積5285.97公頃，城鎮村及工礦用地面積14384.5公頃，交通運輸用地面積3130.61公頃，其他土地面積16889.53公頃。
【動物資源】綦江區有200多種動物資源，其中獸類20多種、鳥類40多種、蛇蟲類50多種、水生動物及魚類70多種。重點保護陸生野生脊椎動物，有黑葉猴、云豹、林麝3種國家一級保護動物，有獼猴、穿山甲、豺、青鼴（黃喉貂）、大靈貓、小靈貓、金貓、斑羚、黑耳蔦、蒼鷹、雀鷹、紅隼、紅腹錦雞、領角鸮、雕鸮、斑頭鵂鹠和鷹鸮18種國家二級保護動物，市（省）級保護動物12種。全區有昆蟲271種。
【植物資源】綦江區有2000多種植物資源，其中栽培植物近1000種。糧食作物以水稻、小麥、玉米、薯類為主，其次是豆類等小雜糧；經濟作物有桑、果、茶、橘子、木瓜、紅梅、銀花、吳英、杜仲、黃檗等110多個長經品種，有油菜、煙葉、海椒、花生、西瓜、甘蔗等450多個短經品種。綦江是全國商品糧基地區、重慶市煙葉生產和蠶桑生產基地。特色農產品有綦江木瓜、東溪辣椒、趕水草蔸蘿卜、橫山大米、石壕糯玉米、東溪花生、東溪米黃瓜、風巖溝大米、石角花椒、永新梨子等。
【礦產資源】綦江區地域內礦種多，分布廣，資源存量豐富。境內礦產資源，已發現的礦種均為沉積型礦產，已探明地下藏有煤、煤層氣、鐵、銅、天然氣、頁巖氣、硫鐵礦、螢石、石英砂巖、灰炭、泥巖、黏土、大理石、方解石、石膏、石灰石、頁巖、含鉀綠豆巖和地熱水等19種礦產。優質礦產為煤、煤層氣和水泥用灰巖等。設立安穩石灰巖資源保障基地7個，儲量共約13億噸。已勘查評價礦床46處，其中大型礦床9處、中型礦床11處、小型礦床26處。查明資源儲量，煤炭16.75億噸，鐵礦9037.5萬噸，石灰巖19.48億噸，煤層氣242.3億立方米，頁巖氣分布面積2600平方千米、儲量8000億立方米。
【水資源】綦江區地域內水資源分為地表水和地下水兩大類。全區多年平均水資源總量為34.72億立方米，其中地表水14.02億立方米，地下水資源總量為1.3965億立方米，多年平均過境水資源總量為19.3億立方米。可利用水資源總量為12.32億立方米，其中地表水10.89億立方米，地下水0.69億立方米，過境水0.74億立方米。
【森林資源】綦江區森林資源豐富，林木以針葉樹、闊葉樹為主。針葉樹有8個科、19個屬、34個種，主要有馬尾松、杉樹、柏樹、華山松、柳杉、側柏；闊葉樹有103個科、400個屬、1034個種，主要有殼斗科青岡類（包括短柄包樹、麻櫟、青岡）、楓香、絲栗、喜樹、香樟、楠木、楊樹、苦楝、刺槐、桉樹等；竹類主要有楠竹、慈竹、水竹、斑竹、刺竹、方竹、白夾竹、苦竹、硬頭黃等。全區珍稀瀕危樹種15個，即銀杏、紅豆杉、楠木、香樟、鐵樹、喜樹、杜仲、厚樸、潤楠、水杉、海南五針松、福建柏、仁豆樹、紅豆杉、鵝掌楸，其中海南五針松有6500株，紅豆杉有2760株，銀杏有2332株。紅豆杉為國家一級保護植物，銀杏、潤楠、楠木為國家二級保護植物。全區有古樹2245株，其中黃桷樹1930株。全區林地面積10.5萬公頃，森林面積10.33萬公頃，林木蓄積量586萬立方米，森林覆蓋率47.5%，擁有長田、古劍山2個市級森林公園，老瀛山市級自然保護區，萬隆、長田2個區級自然保護區。